针对保健品批准文号有什么含义的问题，还要从我国保健食品监管的历程来看，从1996年开始，在这20多年的发展过程中，可大致划分为4个阶段：
一、原卫生部监管时期（1996-2003年）
二、原国家食品药品监督管理局监管时期（2003-2013年）
三、原国家食品药品监督管理总局监管时期（2013-2018年）
四、市场监管总局监管时期（2018年至今）
而在这四个阶段中，对应的批准文号规则都不尽相同，下面为大家一一讲解。
一、原卫生部监管时期：
a. 国产保健食品：
1. 从1996年开始，批准文号为：卫食健字（96）第***号
其中，96表示的是1996年中的“96”（即两位数的年份）；“***” 表示3位阿拉伯数字的序号。如：
2. 从1997年1月1日开始，批准文号变成了：卫食健字[1997]第***号
其中，年份变为4位数（1997）且用中括号进行包裹，序号数还是3位阿拉伯数字。如：
b. 进口保健食品：
1. 1996年开始，批准文号为：卫进食字（96）第***号
2. 从1999年12月开始，变更为：卫食健进字[1999]第***号
特别说明，在此期间，第045号产品顺序调整为4位数字，为：卫食健进字[1999]第0045号
c. 从2003年开始，相继有：
1. 卫进食健字（2003）第0001号 —— 卫进食健字（2003）第0007号
2. 卫食健进字（2003）第0008号 —— 卫食健进字（2003）第0020号
3. 卫进食健字（2003）第0021号 —— 卫进食健字（2003）第0025号
二、原国家食品药品监督管理局监管时期：
a. 国产保健食品
格式为：国 ｜食健字 ｜ G ｜2003 ｜ ****（如，0001）
其中，“国”表示：国家局；“食健字”表示：保健食品；“G”表示：国产；“2003”表示：年份；“****”：表示4位的序号数。
b. 进口保健食品
格式大致同国产保健食品，只是其中的“G”换成了“J”来表示进口。
三、原国家食品药品监督管理总局监管时期：
在2016年颁布实施《保健食品注册于备案管理办法》之前，批准文号格式同之前不变。（同第二个阶段）
之后，批号的前缀部分，变更为“国食健注”。
四、市场监管总局监管时期：
在这一时期，是保健食品注册和备案“双轨制”运行。所以：
a. 注册批准文号：
1.国产：国 ｜ 食健注 ｜ G ｜ 4位年代号 ｜ 4位顺序号。
2.进口：国 ｜ 食健注 ｜ J ｜ 4位年代号 ｜ 4位顺序号。
b. 备案批准文号：
1.国产：食健备 ｜ G ｜ 4位年代号 ｜ 2位省级行政区域代码 ｜ 6位顺序编号
2.进口：食健备 ｜ J ｜ 4位年代号 ｜ 00 ｜ 6位顺序编号